اگر کمی هم با تاریخ آشنا باشید، احتمالا می‌دانید که تشیع در دوره صفوی رنگ‌وبوی دیگری پیدا کرد و رسمی شد. با این حال مسجد برغان از آن مکان‌هایی است که نشان از حضور مذهب شیعه پیش از دوران صفویه دارد و همین موضوع باعث اهمیت دینی و تاریخی این بنا شده است.

دو درخت بسیار کهن سال در این مسجد ریشه در خاک دارند.